Los agentes especiales del FBI, Fox Mulder y Dana Scully han sido retirados de la investigación de los Expedientes X, especializados en fenómenos paranormales y la vida extraterrestre, y trasladados a la lucha antiterrorista. Cuando inician la investigación de un atentado con bomba en un edificio federal de Dallas no pueden imaginarse que sus pasos vayan a conducirles de nuevo a una trepidante trama de intrigas y sospechas, que desvelan la existencia de una conspiración de un grupo de hombres poderosos para poblar la Tierra con clones de humanos y alienígenas.